يتألف الهيكل التّنظيميّ للألكسو من العناصر الاتية:
1- الهيكل التشريعي:
يتمثل في المؤتمر العام (ينعقد مرة كل سنتين) والمجلس التنفيذي (يعقد ثلاثة اجتماعات عادية على الأقل خلال كل دورة مالية).
2- الهيكل التنفيذي:
يضم المدير العام ( ينتخبه المؤتمر العام لمدة أربع سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة ) والمدير العام المساعد.
3- الهيكل الفني والإداري:
ويشمل:
مكتب المدير العام – أمانة المجلس التنفيذي والمؤتمر العام – إدارة التربية - إدارة الثقافة -إدارة العلوم والبحث العلمي – إدارة المعلومات والاتصال – إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
4- الأجهزة الخارجية:
- معهد البحوث والدراسات العربية (القاهرة)
- معهد المخطوطات العربية (القاهرة)
- مكتب تنسيق التعريب (الرباط)
- معهد الخرطوم الدولي للغة العربية (الخرطوم)
- المركز العربي للتعريب والترجمة والتأليف والنشر (دمشق).
وترتبط الدول الأعضاء بالإدارة العامة للمنظمة عن طريق اللجان الوطنية للتربية والثقافة والعلوم بهذه الدول وبواسطة المندوبين الدائمين لدى المنظمة بتونس.
