أمانة المجلس جهاز خاصّ للمجلس التنفيذي والجمعية العمومية/ المؤتمر العام يرأسه أمين يتولى شؤون أمانة المجلس والجمعية العمومية/ المؤتمر العام، وذلك وفق ما يقضي به النظام الداخلي لكل منهما.
المهام الأساسية لأمانة المجلس التنفيذي والمؤتمر العام :
- تحقيق الاتصال بين المدير العام ورئيس المجلس التنفيذي.
- الإعداد لجميع اجتماعات المؤتمر العام والمجلس التنفيذي والأمناء العامين للجان الوطنية العربية.
- الإشراف على الترتيبات التنظيمية لهذه الاجتماعات .
- التنسيق مع الإدارات الفنية والدول الأعضاء بشأن إعداد الوثائق المتعلقة بالاجتماعات .
- إعداد التقارير التي يطلبها المجلس التنفيذي.
- تقديم المشورة لأعضاء المجلس التنفيذي والمندوبين الدائمين فيما يتصل بأعمال المجلس.
- القيام بالأعمال التي يكلفها بها رئيس المجلس.
- إعداد مشروع جدول أعمال المجلس أو المؤتمر بالتشاور مع رئيس المجلس والمدير العام وتبليغه مع الوثائق التفسيرية للدول الأعضاء.
- تقوم أمانة المجلس بأمانة السرّ للجان المشكلة والمنبثقة عن المجلس وأمانة جميع اجتماعات المؤتمر بما في ذلك اللجان المنبثقة عنه.
- الإشراف الكامل على توزيع الوثائق والتقارير خلال انعقاد المجلس أو المؤتمر.
- الإشراف على تسجيل المداولات وما اتخذ من قرارات أثناء انعقاد المجلس أو المؤتمر.
- توزيع القرارات التي يتخذها المجلس أو المؤتمر على الدول الأعضاء بعد اختتام الدورة.
- متابعة القرارات والتوصيات الصادرة عن اجتماعات المؤتمر العام والمجلس التنفيذي وأمناء اللجان الوطنية، وتنفيذ أنشطة اللجان الوطنية.